个人意见：不可以。
动物诊疗机构划为“兽药使用环节”。
《兽药管理条例》立法时，考虑到兽药使用环节购买使用了假劣兽药是受害者，如果再对其进行行政处罚，与《行政处罚法》的某些条款及立法宗旨相违背，因此去掉了使用环节使用假劣兽药的处罚，但未考虑到作为特殊的兽药使用环节的动物诊疗机构。
农业部虽然针对这个问题函复了，但是，该解释是否合法尚需考虑，因为《兽药管理条例》中没有注明：由XXX负责解释。因此农业部是否可以以自己的名义进行解释个人持怀疑态度。
同时，在行政诉讼中，对案件的集中矛盾体现在合法性上，即罚与被罚双方身份的合法性，处罚理由依据的合法性。
另外，公权力和私权利的不对等性使制约程度不同，公权力要求法里明确写明才有权利，私权利则不同，法里没写不可以的全可以，即“法不限制即自由”。
具体到这个问题看，如果你依据这一条处罚，那么就说明你以一个没有出台的东西为依据，这显然是不合法的。
以上仅供参考。
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