扫描电镜，是观察样品表面的结构特征；透射电镜，是观察样品的内部精细结构。
透射电镜放大倍数没有扫描电镜大不同的型号的其测试的元素种类亦略有不同例如透射电镜对氢等元素测试的相当不准确
透射制样复杂，可观察纳米材料及做晶体衍射分析。
