第一，也不是所有的远古样品中都提不出DNA的。
第二，模拟：通过分子的突变规律，我们可以模拟一份进化数据，然后再与基于性状和其他特点的进化树进行比较，看看吻合度。
第三，反推，通过现在还存在的物种的DNA,通过进化算法反推出其祖先序列，然后对祖先序列进行克隆翻译在看看其功能活性，这样的数据很多，也可以证明进化论的正确
提取DNA是一个方法。
还可以根据外部形态结构来进行判断。
生物的性状是由遗传物质就决定的，那么外形和生理功能相似的生物，可以推测它们具有相同或相近的物质。既然有相同或相似的遗传物质那么就可推测它们有共同的起源。
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