重医山医整体一个档次，相差不多，各有所长。本科阶段教育没啥差别。如果以后在山西就业建议果断选择山医。
重庆医科大学的综合实力高于山西医科大学，我这里只有重庆医科大学2011年的录取分数线，而且是综合的，没有单独的，可以给你一个参考。
山西（理科）本一 七年 省控线 570 最高分621，最低分590
本一 五年 570 618， 583
本二 五年 518 587 543
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