给客户开了增值税发票，我们已经做过账，但客户两个多后今天才因三证合一而用不上发票作申报抵销，怎么办

根据《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的通知》（国税发[2006]156号）规定，一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票。
第二十条规定，同时具备下列情形的,为本规定所称作废条件:（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；（二）销售方未抄税并且未记账；（三）购买方未认证或者认证结果为‘纳税人识别号认证不符’、‘专用发票代码、号码认证不符’。因购买方已认证不符合作废条件，应按规定开具红字发票。

目前来说 红字发票一般都可以自己在开票系统里开具了， 收到对方退回的发票后 当月在开票系统里开具红字发票（也就是负数发票）即可。

首先你给购货方开具的发票没有问题，这是购货方财务人员的问题，三证合一在变更税务登记信息的时候税务局要求未抵扣的发票要先进行抵扣的，他们没有抵扣，是他的问题，你可以不用理会。