微生物的呼吸作用可分为好氧呼吸、厌氧呼吸和发酵三种。好氧呼吸是一种递氢和受氢都必须在有氧条件下完成的氧化作用，是一种高效产能方式；厌氧呼吸是一类在无氧条件下进行的、产能效率低的呼吸；发酵不是彻底的氧化作用，产能效率低。
