①叶绿体与线粒体在结构都有双层膜，①正确；②分解有机物，释放能量，只是线粒体的功能，②错误；③产生氧气只是叶绿体的功能，③错误；④水作为一种原料参与有氧呼吸第二阶段，参与光合作用的光反应，④正确；⑤叶绿体与线粒体都含有DNA，⑤正确；⑥叶绿体与线粒体内部都含有酶，⑥正确．故选：D．
