线粒体与叶绿体基因组中只保留了其功能相关的关键基因。这些基因很难由核基因组编码再转运，比较疏水性很高，但其原因还比较有争论。
指导蛋白质合成，使其具备相应的特征。同时还有遗传性状给子代的作用
指导合成与线粒体与叶绿体本身功能相关的物质 主要是与呼吸作用和光合作用有关的酶
指导合成某些特殊的物质
