申请军工保密资格需要与军方签订合作意向书，意向书中如何体现项目涉密及密级？

甲方提供合同（合作意向书）的。你们签订好即可。
密级是根据甲方说的。有个“密级证明表”的。甲方保密委员会（组）提供给你
企业可以是上市公司。但是，需要提供你们上市时的一些资料。
企业人数少，涉密人员也就少。 必须成立领导小组（或叫委员会），下辖保密工作机构（保密办）。
保密小组（委员会）人员组成： 总经理，副总，质量总监（车间主任），财务办，行政部主任，人事办，研发人员等。
给你发证的是国家军工保密认证中心（位于国防科工局）那边，你要进入军工，首先要有军方给你做东西的合同意向，这个是第一道关，有了之后你就可以根据需要你生产的东西的密级（民企一般就二级、三级）准备申请材料，这个需要什么材料可以打电话咨询你当地的保密局，他们会告诉你的，也会推荐书给你自己可以看，准备好了以后上交，应该是你们的市保密局会给你书面审查，过了之后，你们省的军工认证委会来你们公司现场审查，现场就告诉你过没过，过了你就具有资格了，然后报到国家最后一复核一下（一般都是过的)，就给你发证了。
有不懂，可找我探讨。

放心吧，一定是格式合同，你需要考虑的是签与不签

这个是甲方说了算的，人家认可就ok。还是和甲方沟通解决好

应该是意向合同。正文里面应该直接写明本项目为什么密级，哪些信息是涉密的，各是什么密级。