深圳市公司办理港澳商务通行证的流程是怎样的？我知道要进行备案，领取资格认定书，然后呢？

商务签注（S）发给赴香港或者澳门从事商务活动人员。该签注分为3个月一次、3个月多次、1年多次三类。 在有效期内每次在目的地停留不超过7天。
一、申请条件

（一）在国有、集体、私营企业、外商独资企业（含港、澳、台资企业，下同），中外合资、合作企业，股份制、股份合作制企业等工作的内地居民和定居国外的中国公民。
（二）在国际组织驻华机构，外国驻华使、领馆，外国企业、新闻机构等驻华办事处（以下简称驻华机构）工作的内地居民和定居国外的中国公民。

　　上述人员受单位派遣赴香港、澳门从事商务活动。
　　
二、签注签发的有关规定
　一、年纳税额为5万－20万人民币、创汇30万－120万美元或减免税企业注册资本50万－200万人民币的企业，给营业执照持有人签发有效期为3个月多次的商务签注。

　　二、年纳税额为20万－50万人民币、创汇120万－300万美元或减免税企业注册资本200万－500万人民币的企业，给企业的法人代表、董事、总经理、副经理以及负责营销、财务的部门经理签发有效期为3个月或1年多次的商务签注。

　　三、年纳税额为50万人民币、创汇300万美元或减免税企业注册资本500万人民币以上的企业，给企业的法人代表、董事、总经理、副总经理签发有效期为1年或3年多次的商务签注，给主要业务人员签发有效期为3个月或1年多次的商务签注。

　　四、其他人员确实前往港澳从事商务活动的，一律签发有效期为7天一次进入有效的商务签注。

三、企业备案申请手续

达到当地最低纳税标准，要求申请办理多次往来港澳商务签注的企业，首先要在企业所在地公安出入境管理部门申请备案。企业备案须提交以下申请材料：

1、提交《企业申办非公务＜往来港澳通行证＞登记审批表》（简称登记审批表）和《申办非公务＜往来港澳通行证＞人员报备名单表》（简称报备名单表）。
2、提交企业营业执照、税务登记复印件，交验原件。
3、提交本企业上年度纳税证明或创汇证明，属减免税企业的提交主管部门批准减免税的证明文件，属高新科技企业的，提交当地政府重点扶持企业批准文件或相关证明，驻华机构办事处可免交纳税和创汇证明。
4、提交法人代表（负责人）、办证员的身份证复印件，交验原件。
经公安出入境管理部门审查认定符合条件的，发给《企业申办非公务＜往来港澳通行证＞资格认定书》（简称资格认定书）。
企业备案实行年审制。年审时可凭原资格认定书、企业营业执照、本企业上年度纳税证明或创汇证明直接向地级以上市公安出入境管理部门申请，经审核后发给资格认定书。