linux上一般是布置运行的环境，配置java的服务，比如tomcat，linux系统消耗资源少，效率高，安全，centos系统完全免费，也许你开发是在windows上，但是运行现在linux是主流，当然也要是什么服务，并不能以偏概全，windows也有他不可替代的有点。
环境布置好了，就可以把开发的软件放到linux下运行，linux运维人员要复杂，软件的升级，维护，排错，优化......总之就是为了其更好地运行。
一般是这样子的，开发是在windows上进行的，但是最后一般会发布到linux上去，也就是发布到服务器上去，linux上相对安全，稳定且效率。
数据库一般也是放在linux上的，就是本地开发连接远程数据库来开发
网站服务器据说有 90%都是用Linux的。因为它免费
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