PCR可以直接以菌落做模板，比较方便，但有时候有假阳性；酶切鉴定需要提取质粒才能酶切，比较费时，且插入片段里不能有所选酶的酶切位点，在片段序列未知时不宜判定，但在序列已知时相对可靠。如果片段较长，且是未用高保真酶做的PCR获得的，则最好做个测序。
酶切鉴定需要培养大肠杆菌，抽提质粒后才能进行。缺点是耗时，优点是结果可靠。
菌落PCR只需用接种针或小枪头蘸一下菌落或菌液，再接入PCR体系中，通过PCR即可判断目标条带的存在。优点是获得结果快，缺点是可能有假阳性。
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