咸丰十年（1860）8月，英法联军攻入北京。10月6日，占领圆明园。从第二天开始，军官和士兵就疯狂地进行抢劫和破坏，为了迫使清政府尽快接受议和条件，英国公使额尔金、英军统帅格兰特以清政府曾将英法被俘人员囚禁在圆明园为借口，命令米启尔中将于10月18日率领侵略军三千五百余人直趋圆明园，纵火焚烧。这场持续了两天两夜的大火，将圆明园烧成一片废墟。
同治年间（1862～1874），同治帝准备修复圆明园,供慈禧太后居住。后因财政困难，被迫停止,改建其他建筑。1900年，八国联军侵入北京，圆明园又一次遭到破坏。清朝覆灭后，一些军阀、政客、官僚，纷纷从圆明园盗运建筑材料，圆明园遗址遭到进一步破坏。
中华人民共和国成立后，十分重视圆明园遗址的保护。1979年，圆明园遗址被列为北京市重点文物保护单位。之后，圆明园遗址的整修工作逐步展开。
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