两者检查重点不同。胃镜检查胃肠道食管腔内疾病较好，是用镜子人眼看，超声内镜是检查消化道占位病变为主，主要是针对腔内看不到外生性的或是近消化道周边近距离的。是用超声波反射形成图像来看。
超声内镜包括超声波和内镜。电子内镜包括内镜、电子摄像装置、电视监示器。超声内镜好，较先进。
适用范围不同，胃的话用电子胃镜
