楼主说石油科学研究院应该是中石化的石油化工科学研究院吧,主要方向是下游炼化,就业以科研单位或者各地方石化公司,硕士留院机会不多,建议直接读完博士。石油大学的硕士就业还是比较广的,从上游钻探,开发,储运到下游炼化都有涉及。如果你是化学方向的本科,这个两个单位其实都差不多的,建议直接读完博士,硕士不上不下很尴尬。