应该追究，公司欠员工业务提成是属于劳工合同的问题，而业务员在收客户那一万块钱的时候应注意是否有开公司正规的收据给客户，如果是打的白条可能会造成职务侵占罪，最重的可以判5年，如果开了公司的正规收据并且收款人牵的是自己的话那会更麻烦一些，如果两相追究的话业务员的罪会重一些，但是也会对公司的盛誉有所影响，建议好好考虑追究下来的一切费用，在金额不是很大的情况下私下和解，毕竟双方都有错，法官判时也会着重以庭外和解为主。
