我家是1998年修建的房子是宅基地但没有建房手续算违章建筑吗？

算。但是根据地方政策，有部分没有完整建房手续的违章住宅房屋可以进行相关手续的补办，具体标准以地方人民政府发布到政策为准。

例如，淳安县人民政府发布的《关于全县农村集体土地违法建筑认定处理的实施意见》中就规定可以补办相关手续的情形有：
1．未批先建，属占用村庄宅基地拆旧建新且符合建房条件的，合法面积给予补办手续，超出部分按上述第（二）类1、2条规定处理。
2．无房户、困难户、危房户等一户一宅而未批先建或批少建多的，合法面积给予补办手续，超出部分按上述第（二）类1、2条规定处理。
上述情形之一的超面积违法建筑，由村民委员会与违法建筑当事人签订有偿使用协议并收回。村民委员会对违法建筑当事人的房屋按村规民约规定以有偿使用的方式处理给当事人。违法建筑当事人有偿获得房屋使用权后应在规定用途范围内使用，不得挪作他用，并按规定补办相关手续。国家建设需要拆迁时，不作安置补偿依据。
违法建筑当事人不在规定期限内与村民委员会签订有偿使用协议并缴纳有偿使用费的，应在规定期限内自行拆除或恢复原状，也可委托代为拆除，逾期不拆除或不恢复原状的，由各乡镇（青溪新城）政府组织强制拆除。
因此对于缺少建设手续，但是在合法的宅基地上按照面积标准建设的违章建筑房屋，地方上或许有补办相关手续的政策，建议到地方相关部门咨询清楚。
参考信息来源：http://www.qdh.gov.cn/art/2014/3/17/art_897_64032.html

在原宅基地重建就算没有任何手术也不会按违建拆除。因为这是你唯一的住宅。