期刊(即合法期刊)分为正式期刊和非正式期刊。正式科技期刊是由新闻出版总署与国家科委审批,并编入“国内统一刊号”的期刊。非正式期刊是指经行政部门审核领取“内部报刊准印证”作为行业内部交流的期刊(一般只限行业内交流,不公开发行,不编入“国内统一刊号”),但也是合法期刊的一种。非法期刊系没有通过新闻出版总署和国家科委批准,也没有注册为“内部刊物”的非法出版物,大多以盈利为首要目的,收取高额的版面费,不能在国内公开发行或内部发行。这种期刊通常是在国外花几百元购买一个ISSN刊号来欺骗作者、读者。
正式期刊一般有国内主管单位,并有详细的通信地址,印刷出版地都在国内,除自办发行外大多通过邮局征订和发行,故常常有邮发代号。
很多人对期刊分级存在认识上的误区。比如,以主管或主办单位的级别来定期刊的级别,进而来定论文的水准;把科技部、教育部、卫生部及全国性学会或协会主管或主办的期刊定为“国家级”,把各省级行政或学术机构主管或主办的期刊定为“省级”。以医学杂志为例,把中华医学会主办的期刊定为“国家级期刊”,省医学会主办的定为“省级期刊”。以上这些分级都是不科学的。2002年底,国家新闻出版总署报刊司就此类问题进行了统一答复:期刊无国家级、地方级的区别。
医学期刊简单的分为核心期刊和普刊,一般全国性的核心期刊目录,主要是中信所评选出来的统计源科技核心期刊,还有北大图书馆评选出来的北大中文核心期刊。这两个核心期刊目录是比较普遍认可的,因为各省卫生厅还可能有自己的目录要求,比如四川目录分为A类和B类,A类以最新北核和科核目录为准;浙江目录分为一级和二级;辽宁目录分为省级、国家级和核心;甘肃目录则主要是国家级期刊,甘肃目录内的国家级期刊主要以北核为主,所以级别是很高的。