大概的区别如下：
WINCC是上位机上用的组态软件，特点：需使用直接连接或脚本编程，功能性强；集成大型数据库SQL Server，数据归档处理能力强。
WINCC FLEXIBLE简而言之是触摸屏的组态软件，能对触摸屏和操作面板进行组态，相比WinCC，WinCC flexible组态画面对象较为简单，功能弱；数据储存处理能力。 西门子有将WINCC的功能溶合到WINCC FLEXIBLE中的构思，已经实现，即西门子博途TIA集成软件。
前者是编辑西门子触摸屏的软件，后者是西门子的组态软件
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