内务府衙门当时分“内务府堂”(简称“堂上”,又称“本府”)及所属“七司”、“二院”等,总机关称“总管内务府衙门”。其最高官员为“总管内务府”。所属“七司”是:御用监,系为内务府掌管府藏及出纳总汇的机构;尚膳监,掌内务府所属武职官的铨选、任用及围猎、捕鱼之事,顺治十八年改为采捕衙门;钟鼓司,掌内廷礼乐并考核太监品级,顺治十三年改为礼仪监,顺治十七年又易名为礼仪院;内官监,管理内务府帑项出纳及庄园地亩之事,顺治十七年易名为宣徽院;借薪司,掌宫廷缮修工程事务,顺治十八年易名为内工部;三旗牛羊群牧处,掌牛羊畜牧事务;尚方司,掌审拟上三旗的刑名案件,顺治十一年设,十二年改为尚方院。所属“二院”是:御马,掌掌“御用”马匹,顺治十八年易名为“阿敦衙门”(阿敦系满语,意为马群);鞍楼,是制备兵具、器械的机构,顺治十一年易名为兵仗局,顺治十八年又改为武备院。
内部主要机构有广储、都虞、掌仪、会计、营造、慎刑、庆丰七司,分别主管皇室财务、库贮 、警卫扈从、山泽采捕、礼仪、皇庄租税、工程、刑罚、畜牧等事。另有上驷院管理御用马匹,武备院负责制造与收储伞盖、鞍甲、刀枪弓矢等物,奉宸苑掌各处苑囿的管理、修缮等事,统称七司三院。内务府还有三织造处等30多个附属机构。此外负责管理太监、宫女及宫内一切事务的敬事房也隶属总管内务府大臣管辖。
广储司下设六库、工作、二房。六库即银库、皮库、瓷库、缎库、衣库、茶库;七作即银作、铜作、染作、衣作、绣作、花作、皮作;二房即帽房、针线房。