全球气候变暖主要是CO2（二氧化碳）排放过多，对海洋生物主要的威胁：
CO2（二氧化碳）排放过多，溶解在海水里形成碳酸（H2CO3),所以海水就显酸性了。 在酸性的环境下，由碳酸钙构成壳体的生物体首当其冲，它们的壳体会在酸性水域中被消解掉。蛤蚌、贻贝和扇贝在极酸的水域未见踪影；生活在附着于岩石的碳酸钙导管中的小蟹类、海胆、基围虾也消失不见；在酸度比周围水域适度高些的中间地带，一些蠕虫也难觅踪迹。而且，从一个水域到另一个水域，变化更加明显，在酸性最强的地方，即使相距一米，变化也非常显著。
同时，由于生物多样性的减少，每个物种会以不同比例在生态系统中扮演更为重要的角色，任何一个物种的变化，都可能对生态系统造成重要影响，如降低其稳定性等。
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