(1)内涵不同--行政单位属于国家机关，而事业单位属于社会服务组织。
(2)担负的职责不同--行政单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥;而事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。
(3)编制和工资待遇的来源不同--行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担。事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。事业单位有全额拨款的，有部分拨款的，还有事业单位企业化管理的。行政单位人员的工资按《公务员法》由国家负担，而事业单位则根据不同的管理模式实行不同的待遇。
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