86用的人比较多，找人交流比较容易。重码少。缺点：有些拆字和编码规则不规范，部分字的编码会让你感觉莫名其妙，只能死记。
98用的人少。重码比较多，我是从86转到98的，感觉明显重码多了，选字的机会多了。但98相对86对字根分布和编码做了修正，莫名其妙的字比86少了。缺点：主要是重码多些。
用哪种的话，主要是看个人喜好，都用一下就知道区别了。
98版是在86版的基础上，对部分字根重新定位，98版的编码更符合汉字书写习惯、更科学一些。
但由于早期使用的五笔只有86版，培训班等都以86版为教学内容，造成98版的普及率远远低于86版。一些衍生输入法为了适应用户需求，大多以86编码为基础，造成“好用”的五笔输入法中，86版编码比较容易找到。
86和98相比不能说谁好谁不好，只是人们都用惯了86了，而且现在教的主要都是86
98的优点是拆字好像更合理了，但先入为主，一般还是以86的拆法为准
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