在刚入职的时候参加了公司的培训，还签了培训协议，培训协议上规定了违约金是2000元，辞职的话要赔吗？

按照劳动合同法第六十二条：用工单位应当履行下列义务：第4小点规定：《对在岗被派遣劳动者进行工作岗位所必需的培训》；也就是说员工入职时，公司必须要对员工进行相应的岗前培训；是没有权利扣住你的党组织关系：
按照劳动合同法第二十二条规定，《用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。 劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用》。
也就是说，你公司对你的培训只是一般性培训，也没有产生培训费用（备注：培训费用要有发票的），所以说协议应该是无效的。
建议：
你和你的主管沟通一下，不行就找公司人事部，如果都解决不了，就到当地劳动部门投诉。
希望对你有帮忙。谢谢！

看你的说法是公司的内部培训，根据劳动合同法的规定，公司的内部培训不可以收取培训费用，也不可以要求员工赔偿培训费用。
员工的档案关系，是严厉禁止扣押的。
你可以向单位的上级党组织反映情况，也可以向劳动局举报。
祝你好运@！

不转关系只是技术手段，但违约金可能得交。没关系，可以好好跟公司谈谈嘛，买卖不成仁义在，没有那么严重。公司主要是做给其他人看的，所以如果跟公司谈对外不说，估计就好谈一些。