鱼类自然繁殖受到影响，对生态平衡的影响有二：
第一，鱼类的天敌会大量死亡。
食物短缺，会造成以捕食鱼类为食的物种的减少，进而向上影响整个食物链的种群数量。
第二，作为鱼类事物的物种会大量繁殖。
作为鱼类食物的物种大量繁殖，会导作为其食物的植物或动物大量繁殖，消耗一定水域中的氧气或营养物质，造成其他物种的大量死亡，进而向下游影响整个食物链的稳定。
因此，鱼类自然繁殖受到影响，对整个水域都是灾难性的。无论是向食物链的上游还是下游，其影响都是恶性的。
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