公司与员工签订的劳动合同不是必须要到相关部门备案的，劳动合同备案制度是属于可选择的事项，就象一般的民事协议进行公证一样，不是必备的条件。所以不进行备案，是没有什么影响的，更谈不上任何处罚。
《中华人民共和国劳动合同法》
第十六条 劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。
劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
劳动合同备案制度是属于可选择的事项，就象一般的民事协议进行公证一样，不是必备的条件。所以不进行备案，是没有什么影响的，更谈不上任何处罚。
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