东南大学生物科学与医学工程学院目前本科专业设生物医学工程、生物信息技术、生物医学工程（本硕连读）三个专业，生物医学工程、生物信息技术按生物医学工程类招生。研究生设生物医学工程、生物物理两个专业，生物医学工程专业招收硕士生、博士生，分别授工学硕士和博士学位，生物物理专业招收硕士研究生，授理学硕士学位。其中研究生分为学术型研究生和专硕，学硕学制是三年，专硕是两年。
