小说以外科医生格列佛的四次出海航行冒险的经历为线索，一共由四部分组成。 第一卷 利立浦特（小人国 ，Lilliput ） 外科医生格列佛随航程途遇险，死里逃生，漂到利立浦特（小人国），被小人捆住献给国王。格列佛温顺的表现逐渐赢得了国王和人民对他的好感，他也渐渐熟悉了小人国的风俗习惯。在格列佛的帮助下，同样是小人国的“不来夫斯库”帝国的50艘战舰被拉回利立浦特国，但是格列佛不愿灭掉不来夫斯古帝国，使皇帝很不高兴。这时，皇后寝宫失火，格列佛情急生智，撒了一泡尿把火扑灭，谁知却让皇后大为恼火。格列佛的仁怀宽厚和俘获不来夫斯古国舰队的军功受到小人国国王的赏识使得佛林奈浦大为恼火，就联络其他大臣设谋陷害、大加污蔑。于是，小人国君臣贯通一气准备除掉格列佛。格列佛听到风声，赶快逃出利立浦特，后来来到不来夫斯古帝国，最后平安回到英国。 第二卷：布罗卜丁奈格（大人国，Brobdingnag，作者原稿中为布罗卜丁奈格）游记 格列佛在利立浦特人的心目中是个庞然大物，但一到布罗卜丁奈格，他就像田间的鼬鼠一般小了。格列佛又一次出海时，遭遇风暴，被刮到了一个陌生的陆地，那里的居民身高犹如铁塔，他被大人国的一位农夫当做玩物带回。为了赚钱，农夫把格列佛当作小玩艺装入手提箱里，带到各城镇表演展览，让他耍把戏，供人观赏，他被劳累所苦。后来，他被皇后买去，得以与国王相见。国王召见他，他慷慨陈词，夸耀自己的祖国的伟大，政治的贤明，法律的公正，然而遭到国王的抨击与驳斥。 格列佛在该国的第三年,陪同国王巡视边疆.由于思乡心切，他假装生病,来到海边呼吸新鲜空气。天空中的老鹰错把他住的箱子当成乌龟叼了起来。几只鹰在空中争夺，箱子掉进海里，被路过的一艘船发现，格列佛获救后，乘船回到英国。 第三卷：勒皮他（飞岛国，Laputa）、巴尔尼巴比、拉格奈格、格勒大锥、日本游记。 在家待了一段时间，格列佛又随“好望号”出海，遭贼船劫持，格列佛侥幸逃脱，被一座叫“勒皮他”的飞岛救起。这些人的相貌异常，衣饰古怪，整天沉思默想。国王和贵族都住在飞岛上，老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上。岛上的“拉格多科学院”。这所科学院研究的都是些荒诞不经的课题，结果造成全国遍地荒凉，房屋坍塌，人民无衣无食。 接着，格列佛来到巫人岛。岛上的总督精通魔法，能随意召唤任何鬼魂，格列佛因此会见了古代的许多名人，结果发现史书上的记载很多不符合史实，甚至是非颠倒。而后，格列佛又游览了拉格奈格王国，见到一种长生不老人“斯特鲁布鲁格”。离开该国后，格列佛来到日本，然后乘船到荷兰，最后回到英国。 第四卷：慧骃国（Houyhnhnms）游记 格列佛被放逐到“慧骃国”。这儿马是该国有理性的居民和统治者。而“列胡”（雅胡、野胡、耶胡、野猢等多种名称是翻译的问题）则是马所圈养和役使的畜生。格列佛的举止言谈在“慧骃国”的马民看来是一只有理性的“列胡”。 在“慧骃国”各种美德的感化下，格列佛一心想留在“慧骃”国。然而“慧骃”国决议要消灭那里的列胡。所以格列佛的愿望无法实现。无奈之下，格列佛只好乘小船离开该国打道回府。格列佛怀着对“慧骃国”的向往，一辈子与马为友。并且厌弃了世俗，决心不与他人同流合污。将慧马与列胡作对比，凸显了理智、仁慈、友谊的人性的可贵和贪婪、无信，嫉妒的丑陋。
飞岛国
第一章 作者开始第三次航海——为海盗所劫——一个心肠毒辣的荷兰人——他来到一座小岛——他被接入勒皮他。
第二章 勒皮他人的性格和脾气——他们的学术——国王及其朝廷——作者在那里受到的接待——当地居民恐惧不安——妇女的情形。
第三章 在现代哲学和天文学中已经解决了的一种现象——勒皮他人在天文学上的伟大进展——国王镇压叛乱的手段。
第四章 作者离开勒皮他——他被送往巴尔尼巴比——到达巴尔尼巴比首府——关于首府及其近郊的描写——作者受到一位贵族的殷勤接待——他和贵族的谈话。
第五章 作者得到许可前往参观拉格多大科学院——科学院概况——教授们所研究的学术。
第六章 再说科学院——作者提出几项改进的意见，都被荣幸地采纳了。
第七章 作者离开拉格多——到达马尔多纳达——没有便船可坐——短途航行到达格勒大锥——受到当地行政长官的接待。
第八章 格勒大锥概况（续）——古今历史订正。
第九章 作者回到马尔多纳达——航行至拉格奈格王国——作者被拘禁——被押解到朝廷——他被接见的情形——国王对臣民十分宽大。
第十章 拉格奈格人受到作者的赞扬——关于“斯特鲁德布鲁格”的详细描写;作者与一些著名人士谈论这个话题。
第十一章 作者离开拉格奈格，坐船前往日本——又从那儿坐一艘荷兰船到阿姆斯特丹，再从阿姆斯特丹回到英国。
慧骃国
第一章 作者出外航海，当了船长——他的部下图谋不轨，把他长期禁闭在舱里，后又弃他于一块无名陆地——他进入这个国家——关于一种奇怪动物“野胡”的描写——作者遇见两只“慧骃”。
第二章 作者由一只“慧骃”领到家中——关于房屋的描写——作者受到接待——“慧骃”的食物——作者因吃不到肉而感到痛苦，但最终找到了解决的办法——他在这个国家吃饭的方式。
第三章 作者得到“慧骃”主人的帮助和教导，认真学习它们的语言——关于这种语言的介绍——几位“慧骃”贵族出于好奇前来看望作者——他向主人简单报告他的航海经过。
第四章 “慧骃”的真假观——主人不同意作者的说法——作者更为详尽地叙述自己的身世和旅途经历。
第五章 作者奉命向主人报告关于英国的情况——欧洲君主之间发生战争的原因——作者开始解释英国宪法。
第六章 再谈安女王统治下的英国——欧洲宫廷中一位首相大臣的性格。
第七章 作者对祖国的热爱——主人根据作者的叙述对英国的宪法和行政发表看法，并提出类似的事例加以比较——主人对人性的看法。
第八章 作者关于“野胡”的几种情况的叙述——“慧骃”的伟大品德——青年“慧骃”的教育和运动——它们的全国代表大会。
第九章 “慧骃”全国代表大会进行大辩论，辩论结果是如何决定的——“慧骃”的学术——它们的建筑——它们的葬礼——它们的语言缺陷。
第十章 作者的日常生活安排，他跟“慧骃”在一起的幸福生活——因为他经常跟它们交谈，他在道德方面有很大的进步——他们的谈话——作者接到主人通知必须离开这个国家——他十分伤心，昏倒在地，可还是顺从了——他在一位仆人的帮助下设法制成了一艘小船，冒险出航。
第十一章 作者的危险航程——他到达新荷兰，打算在那儿定居——被一当地人用箭射伤——被葡萄牙人所捉，强行带到他们的船上——船长对他的热情招待——作者回到英国。
第十二章作者记事真实可靠——他出版本书的计划——他谴责那些歪曲事实的旅行家——作者表明自己写作并无任何险恶目的——有人反对，作者答辩——开拓殖民地的方法 ——作者赞美祖国——他认为国王有权占领他描述的那几个国家——征服那些国家的难处——作者向读者做最后告别；谈到他将来的生活方式；提出忠告
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