立式铣床的主轴是垂直的。卧式铣床的主轴是水平的，所用的刀具也有区别。
轴位置不同，卧式的主轴水平布置 ，立式的主轴垂直布置，除了主轴布置不同以外，他们的加工范围也不同，卧式多用盘式铣刀，可用辅助支撑，刚度相对好些。
立式铣床 用的刀相对灵活一些，适用范围较广。可使用立铣刀、机夹刀盘、钻头等。可铣键槽、铣平面、镗孔等。卧式铣床也可使用上面各种刀具，但不如立铣方便，主要是可使用挂架增强刀具（主要是三面刃铣刀、片状铣刀等）强度。可铣槽、铣平面、切断等。卧式铣床一般都带立铣头，虽然这个立铣头功能和刚性不如立式铣床强大，但足以应付立铣加工。这使得卧式铣床总体功能比立式铣床强大。立式铣床没有此特点，不能加工适合卧铣的工件。
一个是从上面加工，一个是从侧面加工，没什么其它不同的
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