我是明年2012年就要毕业的大四学生，和北京一家公司签了一个三方协议和一个就业协议，现在要毁约，

你签署了三方协议又不一样的，在签协议的地方就有一个关于违约的赔偿金额，你最好自己看看，这个金额是在什么情况下有效的。另外，如果在同行就业的话，还是需要有一个解约函会好很多。
在你就业之后，三方协议对你将来就业和签合同就没有什么制约了。如果你有涉及到户口或者其他的档案之类的东西的话，建议你不要太极端的处理问题，因为这些东西将来都还是会需要的。
尽量案程序做离职，或者好好的做一段时间，找到合适的机会再离职。毕竟公司找人也不容易，也是要人力和时间的。我们做什么职业也是要有职业操守的，所以还是考虑周全一点。

兄弟，我现在也是遇到跟你一样的问题，我是打算要交违约金了，因为拿了解约函后回学校才能再开就业协议书，而且自己当初跟公司签的就业协议书上面有档案接收地，如果没解约学校就会按档案接受地把档案直接发到那里，而且学校开的报到证也是写着公司的名字，要去公司报到。如果解约了，把解约函拿回学校，可以重新开就业协议书，如果毕业证领了还没签就业协议书，学校就会把档案发回原籍，报到证开出来也是到原籍报到的。当初不该草草就签了就业协议书，望看到的毕业生要慎重考虑，吸取我这惨痛的教训，不要随便就签就业协议书。

这种情况下，一般你是要付这3000元违约金的。因为根据条款，你是因为违反没有按时去该公司报道的条款，算违约。只有交了这3000元才会把三方还给你的。（个人建议你签三方的时候一定要慎重，因为每个人只有一次换三方的机会呢）

按着法律程序得话不需缴纳违约金

你没说明是什么样的三方协议呀。条款都有什么呀。有没有注明什么。退回来不可能了。可以去劳动仲裁部门去具体咨询一下。