我是管公司人事的，有个员工辞职，但是他的那份劳动合同丢失了，应该怎么处理啊？

你的问题是公司保管的合同丢失还是员工自己手上的合同丢失？有些歧义~
劳动合同是一式两份的，公司保存的那份没有丢失吧？
如果没有他的丢失也不用怕的，让他来办理手续，与公司办理解除劳动关系时，公司给他出具一份解除劳动关系的证明文件，或称为离职证明，说明对方的入职时间和离职（解除劳动关系）时间，及已办理的社保等情况，并加盖公司的印章，然后他拿着这份证明就可以去办理其他社保事情了~
如果公司的丢失，对方的也丢失，这个就只能说这公司的人事该换人了~

职了之后原先的劳动合同不见了是不会产生任何的影响的，辞职之后其实原先的劳动合同基本上就已经丧失了法律效力了，总不见得公司在员工辞职的时候或者辞职之后，还要求员工把原始劳动合同上交给公司的，如果公司真的有这样的要求，这是不合法的。
法律分析
辞职了劳动合同不见了并没有影响，劳动合同属于对双方权利义务的约定，即使解除劳动关系并不意味劳动合同即失去效力，同时合同是双方应持有的，员工有权继续持有，没有必要交还原单位。解除劳动关系后，按法律规定应当办理交接手续，即工作和物品的移交，交接完后单位应当结算工资。以前的劳动合同是当事人以前被录用的证明，依法属于当事人持有的，别人无权要求拿回；如果单位企图通过取回劳动合同，将来对其不利，当事人可以留下复印件，并让公司在取回劳动合同时给当事人出具收据；注意防范其他可能的风险，注意保留工作内容、工作时间、工资待遇的证据，防备突发的事件。员工主要是在辞职之后妥善的保存好解除劳动合同证明即可，原先的劳动合同既然已经无效，丢了也就丢了，也没有必要再到用人单位申请给补办一份劳动合同。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》
第十六条 劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
第八十九条 用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或者终止劳动合同的书面证明，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。

你说的他的那份合同是公司保存的合同 还是他自己保存的那份合同。要是公司保存的合同，那么只能说明你们工作太不小心了，要是员工离职后不仲裁还好，要是仲裁的话，只能按照未签订劳动合同处理，你们得负双倍工资。除非你们能拿出相关证据证明与他签了合同。
如果是员工自己保留的那份合同丢失了，毕竟已经离职了，要合同也没用。要是他想要，你按照公司规定办事。

丢了就丢了，是他的丢，不关公司什么事，不会公司还要收回合同吧，那你们公司肯定不怎么样。

和他签劳动合同终止协议，其实他写有离职申请，办过离职手续后，劳动合同也可自动解除