一般来说是用ClustalX（W）软件的多，不管装在电脑中的软件还是在线的软件（http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/），发文章用的多序列比对图还得经过进一步的处理，比如用BoxShade软件进行着色（http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html），这样更直观。
有现成软件，Clustal W 或Clustal W 用得比较多。
关于文章，你说得太笼统，不过大致上这个属于生物信息学范畴，可以投生物学、生化分子、生物信息学方面的杂志。
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