海员证必须由有资质的公司（包括船东、船舶管理公司，船员服务机构）办理，海事局是不受理个人申办海员证的。跑内贸不用海员证，不影响上船。谁给你办理海员证，名义上你就是他家的签约船员。所以找中介的时候还得小心点，多打听。免得受到他们牵制。海员证的换新、注销都是由给你办理海员证的这家公司办理。我估计你的担心就在此。不过没关系，所有自由船员都是找中介办的，只要中介不太黑，这些都不是问题。
