不用补协议。分公司不具备独立法人资格，其业务由总公司统一管理与核算。既然分公司与总公司不是两个独立法人实体，而是一个法人实体，自己与自己签订协议只能是内部协议，不具备法律层面的意义。
搜一下：甲方和总公司签订合同后款项转至分公司,发票也是分公司开,分公司要如何和总公司补个协议
