甲方与乙方签定建房合同其中规定如在工人施工中发生意外双方共同负责，乙方不承担责任该怎么办

先分析一下双方责任问题，然后再回答乙方不承担责任怎么办问题。
工人施工中发生意外就谁负责的问题现在为楼主分两方面回答：1、法律责任，2、经济责任
1、法律责任：
　1）建设单位法律责任：根据《建设工程安全生产条例》第五十四条　违反本条例的规定，建设单位未提供建设工程安全生产作业环境及安全施工措施所需费用的，责令限期改正；逾期未改正的,责令该建设工程停止施工。
　　建设单位未将保证安全施工的措施或者拆除工程的有关资料报送有关部门备案的，责令限期改正，给予警告。
　　第五十五条　违反本条例的规定，建设单位有下列行为之一的，责令限期改正，处20万元以上50万元以下的罚款；造成重大安全事故，构成犯罪的，对直接责任人员，依照刑法有关规定追究刑事责任；造成损失的，依法承担赔偿责任：
　　(一)对勘察、设计、施工、工程监理等单位提出不符合安全生产法律、法规和强制性标准规定的要求的；
　　(二)要求施工单位压缩合同约定的工期的；
　　(三)将拆除工程发包给不具有相应资质等级的施工单位的。
2）：施工单位法律责任：根据《建设工程安全生产条例》第六十二条　违反本条例的规定，施工单位有下列行为之一的，责令限期改正；逾期未改正的，责令停业整顿，依照《中华人民共和国安全生产法》的有关规定处以罚款；造成重大安全事故，构成犯罪的，对直接责任人员，依照刑法有关规定追究刑事责任：
　　(一)未设立安全生产管理机构、配备专职安全生产管理人员或者分部分项工程施工时无专职安全生产管理人员现场监督的；
　　(二)施工单位的主要负责人、项目负责人、专职安全生产管理人员、作业人员或者特种作业人员，未经安全教育培训或者经考核不合格即从事相关工作的；
　　(三)未在施工现场的危险部位设置明显的安全警示标志，或者未按照国家有关规定在施工现场设置消防通道、消防水源、配备消防设施和灭火器材的；
　　(四)未向作业人员提供安全防护用具和安全防护服装的；
　　(五)未按照规定在施工起重机械和整体提升脚手架、模板等自升式架设设施验收合格后登记的；
　　(六)使用国家明令淘汰、禁止使用的危及施工安全的工艺、设备、材料的。
　　第六十三条　违反本条例的规定，施工单位挪用列入建设工程概算的安全生产作业环境及安全施工措施所需费用的，责令限期改正，处挪用费用20%以上50%以下的罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任。
　　第六十四条　违反本条例的规定，施工单位有下列行为之一的，责令限期改正；逾期未改正的，责令停业整顿，并处5万元以上10万元以下的罚款；造成重大安全事故，构成犯罪的，对直接责任人员，依照刑法有关规定追究刑事责任：
　　(一)施工前未对有关安全施工的技术要求作出详细说明的；
　　(二)未根据不同施工阶段和周围环境及季节、气候的变化，在施工现场采取相应的安全施工措施，或者在城市市区内的建设工程的施工现场未实行封闭围挡的；
　　(三)在尚未竣工的建筑物内设置员工集体宿舍的；
　　(四)施工现场临时搭建的建筑物不符合安全使用要求的；
　　(五)未对因建设工程施工可能造成损害的毗邻建筑物、构筑物和地下管线等采取专项防护措施的。
　　施工单位有前款规定第(四)项、第(五)项行为，造成损失的，依法承担赔偿责任。
　　第六十五条　违反本条例的规定，施工单位有下列行为之一的，责令限期改正；逾期未改正的，责令停业整顿，并处10万元以上30万元以下的罚款；情节严重的，降低资质等级，直至吊销资质证书；造成重大安全事故，构成犯罪的，对直接责任人员，依照刑法有关规定追究刑事责任；造成损失的，依法承担赔偿责任：
　　(一)安全防护用具、机械设备、施工机具及配件在进入施工现场前未经查验或者查验不合格即投入使用的；
　　(二)使用未经验收或者验收不合格的施工起重机械和整体提升脚手架、模板等自升式架设设施的；
　　(三)委托不具有相应资质的单位承担施工现场安装、拆卸施工起重机械和整体提升脚手架、模板等自升式架设设施的；
　　(四)在施工组织设计中未编制安全技术措施、施工现场临时用电方案或者专项施工方案的。
　　第六十六条　违反本条例的规定，施工单位的主要负责人、项目负责人未履行安全生产管理职责的，责令限期改正；逾期未改正的，责令施工单位停业整顿；造成重大安全事故、重大伤亡事故或者其他严重后果，构成犯罪的，依照刑法有关规定追究刑事责任。
　　作业人员不服管理、违反规章制度和操作规程冒险作业造成重大伤亡事故或者其他严重后果，构成犯罪的，依照刑法有关规定追究刑事责任。
　　施工单位的主要负责人、项目负责人有前款违法行为，尚不够刑事处罚的，处2万元以上20万元以下的罚款或者按照管理权限给予撤职处分；自刑罚执行完毕或者受处分之日起，5年内不得担任任何施工单位的主要负责人、项目负责人。
　　第六十七条　施工单位取得资质证书后，降低安全生产条件的，责令限期改正；经整改仍未达到与其资质等级相适应的安全生产条件的，责令停业整顿，降低其资质等级直至吊销资质证书。
　　第六十八条　本条例规定的行政处罚，由建设行政主管部门或者其他有关部门依照法定职权决定。
　　违反消防安全管理规定的行为，由公安消防机构依法处罚。
　　有关法律、行政法规对建设工程安全生产违法行为的行政处罚决定机关另有规定的，从其规定。
可见发生安全事故建设单位或者施工单位均有可能有责任。
2、经济责任：
根据《安全生产法》第四十八条 因生产安全事故受到损害的从业人员，除依法享有工伤社会保险外，依照有关民事法律尚有获得赔偿的权利的，有权向本单位提出赔偿要求。
有权向本单位提出赔偿要求也就是说无权向非本单位提出赔偿要求。也就是说工人是施工单位的，赔偿就应该是施工单位赔偿，工人是建设单位的赔偿应该是建设单位赔偿。
知道什么问题由谁负责了，现在回答楼主的问题，
合同其中规定如在工人施工中发生意外双方共同负责，那么不管怎么样对建设单位都不利。也就是说建设单位（甲方）要承担一部分的责任。主要是经济责任，法律责任行政主管部门会做处理的。要使建设单位（甲方）不承担经济责任也不是没办法。现在施工单位项目经理一般都是挂靠，或者干脆施工单位都是挂靠的，建设工程施工合同因挂靠而无效，因此双方共同负责条款也无效。合同无效出现安全事故按照相关法律法规执行，即建设单位无需负经济责任。
很累，希望对楼主有帮助

如果甲乙双方都是企业，那么此协议有效。签了共同负责，但是如果没划分具体的负责比例的话，还是会按照其他法律的相关规定，予以归责的。
如果甲乙是企业和员工的关系，那个协议是无效的。

按合同办啊，不然签那玩意儿干嘛?