食品经营许可证和餐饮服务许可证的区别如下：
1、性质不同
食品经营许可证的号码一般是主要取统一社会信用代码第三至第十七位而形成的。
这二者的区别主要在于它们的性质不同，纳税人识别号主要用在纳税的时候，而餐饮服务许可证指的是该企业的标志。
2、应用部门不同
食品经营许可证是工商营业执照代码，餐饮服务许可证是去税务局办业务时提供的证件。
3、编码不同
食品经营许可证号码用18位的阿拉伯数字或大写英文字母表示，由登记管理部门代码（1位）、机构类别代码（1位）、登记管理机关行政区划码（6位）、主体标识码（组织机构代码）（9位）和校验码（1位）5个部分组成，并对涉及到的组织机构、法人、其他组织、组织机构代码、统一社会信用代码等相关概念作出了规定。
而餐饮服务许可证一律由15位、17位、18或者20位码（字符型）组成，其中：企业、事业单位等组织机构纳税人，以国家质量监督检验检疫总局编制的9位码（其中区分主码位与校验位之间的“－”符省略不打印）并在其前面加挂6位行政区划码共15位码。
4、登记证件不同
食品经营许可证通常简称为“税号”。
餐饮服务许可证就是税务登记证上的号，每个企业的识别号都是唯一的。
而餐饮服务许可证登记在工商营业执照上。
5、开发票时填写的信息不同
购买单位需要在餐饮服务许可证的“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的统一社会信用代码。
购买方为企业的，索取增值税普通发票时，应向销售方提供统一社会信用代码。
而销售方为其开具增值税普通发票时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
食品经营许可证是具有唯一性的，只要税务发票系统里面查到了这家企业的纳税人识别号，就可以查询到这家企业的进销项发票情况，也就可以知道企业是否虚开发票了。
食品经营许可证和餐饮服务许可证是一样的，食品经营许可证是工商营业执照代码，餐饮服务许可证是去税务局办业务时提供的证件。食品经营许可证通常简称为“税号”。餐饮服务许可证就是税务登记证上的号，每个企业的识别号都是唯一的。而餐饮服务许可证登记在工商营业执照上。
但是根据2016年2月29日，国务院印发的《关于整合调整餐饮服务场所的公共场所卫生许可证和食品经营许可证的决定》：
取消地方卫生部门对饭馆、咖啡馆、酒吧、茶座4类公共场所核发的卫生许可证，有关食品安全许可内容整合进食品药品监管部门核发的食品经营许可证，由食品药品监管部门一家许可、统一监管。
这意味着，饭馆、咖啡馆、酒吧、茶座4类公共场所，不再需要办理卫生计生部门核发的卫生许可证，将卫生许可证和食品经营许可证（即餐饮服务许可证）“两证合一”。相应证件办理可在阿里云咨询。
办理餐饮许可证需要提交的资料：
1、《餐饮服务许可证》申请书；
2、名称预先核准证明（已从事其他经营的可提供营业执照复印件）；
3、法定代表人（负责人或者业主）的身份证明复印件；
4、直接负责的主管人员无违规证明；
5、经食品药品监督管理部门培训的食品安全管理人员证明资料；
6、餐饮服务从业人员健康体检及食品安全知识培训合格证明；
7、餐饮服务场所的房屋所有权证或租赁协议等有关的合法使用证明。餐饮服务场所选址应符合要求（选址距离粪坑、污水池、暴露垃圾场（站）、旱厕等污染源25m以上，并设置在粉尘、有害气体、放射性物质和其他扩散性污染源的影响之外）；
8、餐饮服务经营场所地理位置坐落图、平面图和设备布局、加工流程、卫生设施等示意图及说明（需标明经营场所总面积，各功能间名称、面积，清洗、消毒等卫生设施位置，门、窗位置，人流、物流走向）；
9、保证食品安全的各项规章制度。
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