没办法，因为你的网页是运行在客户端的，如果客户端获取不到网页中所有的元素的话，那还怎么显示网页？？
想要客户端获取不到你的js文件是不现实的，最好的方法是重新设计规划js中可能涉及到后台的逻辑处理程序，避免被黑客从中找出破绽从而攻击服务器。
至于js特效，呵呵 web2.0 本来就是互相分享，你敢保证你用的js特效都不是从网上扒的吗？你能使用别人的劳动成果，别人为什么就不可以使用你的呢！
可以通过JS脚本压缩软件，将你已经编写好的正确完整的JS脚本通过这种软件，压缩编译下。一样可以放到项目里使用（类似网页中看到的编译后的Jquery脚本，密密麻麻的那种）
没有办法。
js是解释执行的代码，目前没有编译的方法。
有一种js压缩与混淆的方法，可以极大的降低代码的可读性，但是仍然可以被反压缩。
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