A、一个大肠杆菌能独立完成各种生命活动，属于个体层次，A正确；B、培养皿中的大肠杆菌菌落属于种群层次，B错误；C、细胞是最基本的生命系统，C错误；D、蛋白质和核酸属于生物大分子，但不是生命系统，D错误．故选：A．
