1.食用，很多蘑菇都是营养丰富而且美味的食品，如木耳，平菇，金针菇等等。
2.传统医药，很多真菌都是传统中药材，如灵芝，冬虫夏草，竹荪等等。
3.食品加工，酵母菌常被用来发酵面食。
4.制药，例如青霉素，环孢素都是从真菌中提取的重要药品。
5.林业，有些真菌跟林木共生形成外生菌根来帮助固氮，对林木的生长发育有重要作用。
6.生物杀虫剂，某些真菌，如白僵菌，绿僵菌，被毛孢，蜡蚧轮枝菌等对农业害虫有致病作用。
7.生物降解，白腐菌能降解杀虫剂，除草剂，燃料等多种有机物。
8.园艺和环境美化，一些有突出外形的真菌常被用于园艺，如粉托鬼笔，猩红肉杯菌等等。
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