虽然国产肉毒素和进口的相同点比较多，但它们还是有细微的差别，主要体现在药物提纯方法、药物纯度和弥散性上，进口肉毒素使用的成分是人体白蛋白，而国产的使用的是猪明胶。猪明胶是异种蛋白，容易引起免疫反应。同时，进口的肉毒素采用的是真空干燥法(液体-固体)，而国产的肉毒毒素采用的是冷冻干燥法(固体-固体)。进口肉毒素注射后的弥散性要小(半径)5mm；而国产的注射后弥散性要大(半径)10mm。
在大多数情况下需要精确注射时，如治疗皱眉纹时，弥散性越小就越显优势，个体化治疗、不良反应发生率低（肉毒素除了瘦脸，还可用来除皱）。针对这几点来看，进口肉毒素注射方法疗效和安全性综合评估都要优于国产肉毒素。
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