如何查找某一特定基因的序列以及它的SNP位点
关于这个问题,如果把序列下载下来然后一个个去找,不是一个好办法。可以用下面这个办法,首先找到一篇关于这个位点的相关文献,必须有详细的方法学描述,简单来说就是有引物序列以及分型方法描述。然后用上下游引物去blast拿到包含这个位点的序列,然后用这段序列去做的结果可以告诉你这段序列里面有哪些SNP,然后再根据文章中对于改位点分型方法的描述来确定位点,举例来说,如果是Taqman探针法,最简单了,两个针对不同等位基因的探针不同的那个点就是SNP位点,如果是酶切方法,那么用webcutter这个软件找所用酶的切点在哪里(google里搜索webcutter),然后来确定究竟哪个点才是我们想要找的SNP位点。
直接双向测序,根据测序峰图就能判断了