A、自然选择通过作用于个体而影响基因频率，A错误；B、变异是不定向的，基因突变的方向和生物进化方向不一定一致，B错误；C、生物进化过程的实质是基因频率的改变，C错误；D、隔离是物种的形成必要条件，有的物种形成不需要地理隔离，但一定要经过生殖隔离，D正确．故选：D．
