故意伤害致人重伤被害人保证书和约定的赔偿金额明显低于应赔偿的数额应该怎么做,

被害人被伤害至重伤一级，双方之前签订了一份保证书，被害人只要了5万元医药费赔偿，承诺不追究对方的责任了。这样的保证书有效吗？你的提问“故意伤害致人重伤被害…” 的问题，如果没有违反国家法律法规，那么之前你们的协议合法有效。如果违反国家法律法规的，那么《中华人民共和国民法通则》第五十八条 下列民事行为无效：（一）无民事行为能力人实施的；（二）限制民事行为能力人依法不能独立实施的；（三）一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下所为的；（四）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的；（五）违反法律或者社会公共利益的；（七）以合法形式掩盖非法目的的。
无效的民事行为，从行为开始起就没有法律约束力。你可以通过检察院刑事（自诉）诉讼附带民事赔偿，通过正常的法律渠道解决维护你的合法权利。还有法律规定“造成重伤的可以处3年以上，10年以下有期徒刑；轻伤的可以处15天以下拘留。这2个案件，都可以追加误工费、医药费、营养费、陪护费、车费以及精神抚慰金等民事赔偿。本案中5万元的赔偿显然有失公允。

在公诉案件中，适用于轻微的刑事案件，被害人与加害人达成和解协议后，国家一般会加以确认，因此也可以理解为被害人享有不完全的刑事处分权。而除此之外的案件，被害人既没有刑事处分权，也没有刑事处分的请求权。
也就是说你这种故意伤害致人重伤的和解是无效的。对方在有效期限内随时可以派出所报案，公诉案件有检察院来起诉。