解：（1）毛利兰从来就不确定柯南就是工藤新一，每次感觉到他是，结果都被柯南察觉了，然后故意在兰的面前想办法证明自己不是工藤新一，最后都成功了，还把新一的手机号告诉他，然后毛利兰打新一电话，柯南就用那个蝴蝶结调成新一的声音，然后柯南就是柯南的声音。让毛利兰相信，柯南和新一的声音不同即可证明他们不是同一个人。
（2）柯南从来就没有恢复（永久性）为工藤新一，只是偶尔在必要时只能暂时用灰原哀研制的不完全解药恢复为新一，一般只能维持24小时。变成新一的集数有
001 云霄飞车杀人事件 耳朵还很大的新一……整个故事的开端，被黑暗组织灌药之前的原始新一~~（这集也出现了当时还是路人甲乙丙丁的高木涉~步美元太光彦等人~~~） 小兰和新一去游乐园约会。没想到就在新一的身边发生了一起杀人事件，这个事件也是整个故事的开端。在云霄飞车的隧道里，吉田步美、圆谷光彦、小岛园太三个人为了省钱而在隧道里准备上车。不料，发生了杀人事件。在新一的推理下杀人事件解开了。但是，再回来的路上，新一看见了黑衣人在进行刻意的交易。不料，还有一名黑衣男子从背后攻击，给新一吃了组织未完成的药物，APTX4869。新一化名为“江户川柯南”就此，故事开始了…… 049 外交官杀人事件（后篇） 一天，毛利侦探事务所来了一个神秘人，这人就是关西的名侦探：服部平次。当时，服部平次还没有察觉到柯南就是新一。而且，服部平次带来的中国酒：白干，骗柯南喝了下去。在事件即将要结束时，工藤新一却出现在大家眼前，不过，眼前的新一似乎有点异常。新一挺着重感冒解决了整个事件。 最后，担心他的兰却叫医生来，当时，新一彻底失去了知觉，从楼梯上跌了下来，躲在厕所里，变回了柯南。 此时的服部已经有些察觉了…… 162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案 阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。当时，新一问小兰有关XXX的问题时，小兰还脸红了呢。然后，新一顺利的解决了事件。那么这就是最初的一页…… 190 生死一瞬间（危险的复活） 第三种选择 柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南~啪~~打出来一朵红花……把新一吓了个半死~~于是坦白计划泡汤~~剧情得以继续下去~~同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。 191 生死一瞬间（危险的复活）黑衣骑士 在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！ 192 生死一瞬间（危险的复活） 新一回来了 借助哀利用白干提取的物质制成的暂时解药变回原来身体的新一回到原来的生活的时候，在糀町中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。 193 生死一瞬间（危险的复活） 约定的场所 新一明白了在米花町中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。结果破了案子，药效到了~~他差点哭出来……柯南走到兰跟前~“新一哥哥走了~”，兰开始哭~~“新一哥哥说~……”“我不要听……”~~“他说，希望你等他，就算死，他也会回来……” 219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德 打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。(这里有怪盗对新一,但后面的不是新一,而是以柯南的身份出现) 另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。最后留下来的侦探是？召集侦探们的犯人的真实身份是？ 286 工藤新一NY事件（事件篇） 287 工藤新一NY事件（推理篇） 288 工藤新一NY事件（解决篇） 柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎朗·温亚德的形象。小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎朗.温亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。 （这也是毛利兰开始对新一有好感的开始，并且也为后来苦艾酒知道柯南就是新一埋下了铺垫 330 金钱买不到的友情(后篇) （ 柯南回忆）
400 心存疑惑的小兰（回忆） 近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的响声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情… 437 上户彩和新一 4年前的约定（回忆） 柯南、兰与打扫工藤家书库的园子，留意到一张根据优作的著作而拍成了电视剧的“女高中生侦探YUKI的事件簿”的照片。照片上有与新一、兰同样是16岁的上户彩。听兰说，这是4年前首次担任主角的彩来拜访优作时拍的照片。 之后，一名年轻女子来到了工藤家。那人正是上户彩，原来她有事来拜托新一…… 472 少年工藤新一的冒险（前篇） （少年） 473 少年工藤新一的冒险（后篇） （少年） 少年工藤新一的冒险
柯南等人正在帝丹小学的图书室读书。此时，小林老师在书架的空隙中发现了什么。那是个破旧的皮革钱包，中间放有1张纸。柯南对这个钱包有种似曾相识的感觉…。10年前，小学一年级的新一和小兰为了查明学校有妖怪出没的流言的真伪，在满月之夜潜入小学的图书馆中。在那里，新一从谜样男子那里得到了这个皮革钱包，并接受了解读纸上记录下的暗号的挑战… 柯南在图书馆继续诉说着对那个钱包的回忆。10年前，接受谜一样的男子挑战的新一与小兰，阿笠博士一起破译了第1个和第2个暗号，第3个暗号“消除OKUHO的证据 用混浊的声音紧咬住孤独”。新一破解出暗号的前半部分后前往奥穗邮局。由于前2次都是将暗号隐藏在红色的东西上，所以新一直奔红色的邮筒而去，打算寻出端倪…… 490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（中学） 521 杀人犯 工藤新一 柯南收到了一个叫屋田成人寄的信，约他到森林中的小木屋见面。不料，出门前，误食了药，本来应该是普通的感冒药，阿笠博士却拿了灰原哀自己制作的APTX4869的解药。在小木屋中的柯南即将要变回工藤新一，在最后时刻，柯南跌入了湖中。让兰意想不到的是：眼前的新一竟然失忆了！和叶说带工藤去，没准可以让工藤恢复记忆。在一年前的现场，新一、小兰、和叶、平次等人遇到的屋田成人的同级生：水川萌生，以及东都新闻报社记者：河口深里。 次日，服部平次发现工藤新一不见了，然后竟然在一年前的案发现场找到了新一。发现，新一刺杀了河口深里…… 522 新一的真正身份和兰的眼泪 原来，真正的工藤新一并不是杀人犯。而假的工藤新一竟然是屋田诚人（日原诚人）整容的。工藤新一在森林的小木屋中，穿上了死罗神的衣服，在事件现场和大家见面，并揭开了事件的真相。的在事件最后，工藤新一意识到了自己要变回江户川柯南了，最后灰原哀给了工藤新一一粒APTX4869的解药，保住了秘密。在回来的高速公路，又遇见了一起杀人案件…… 523 真正想问的事 新一他们超过的一辆车里面有个很奇怪的人，仔细一看，原来他死了！当新一随着平次要赶往命案现场时，小兰的脑海里显出了他们去游乐园的那次回忆……小兰抓着新一的衣服仿佛要说什么，但什么也没说出来……在谜团解开之际，那粒APTX4869的解药药效却只有4个小时，工藤新一刚想在变回柯南之前逃开，小兰却抓住了新一，幸好被灰原用麻醉针麻醉，结果自然是平安变回来了……
未编入动画的漫画
FILE.743 名侦探的弟子 柯南等人在咖啡厅遇到一英国老妇人，为了答谢帮他找到他的猫咪，于是请柯南一行人去英国旅行。因为柯南没有护照，所以灰原就给了他两颗APTX4869解药的实验品，来回是在机场使用，于是柯南在飞机上恢复了工藤新一。到了伦敦后，新一变回柯南，在夏洛克.福尔摩斯博物馆遇到了一个声称要找福尔摩斯的少年，追问下，得知有人在温网球场上，对那个少年说，要在那个少年面前，让一个人死去... FILE.745 令人心痛的爱 在小兰的追赶下，柯南吃了灰原给他的APTX4869（本来是让回国用的）.两人吵了几句，兰哭着跑开了，新一追了过去...... FILE.746 向福尔摩斯求救 FILE.747福尔摩斯的暗号 FILE.748--752
剧场版
M4瞳孔中暗杀者 小兰 回忆和新一一起去游乐园玩的时候。 M7 迷宫的十字路口 柯南、服部二人推测出绑架远山和叶的地点。可是服部却受伤了，柯南向灰原哀要APTX4869的解药，恰好灰原哀没有带，所以，灰原哀说：先吃了阿笠博士做的药（可以得重感冒），然后喝下白干就可以了。最后，柯南变回了新一。 M11 绀碧之棺 柯南把氧气筒给了兰，但是自己却无法呼吸，在海下，兰又把氧气筒给了柯南。 上岸以后，柯南问兰为什么把氧气筒给了他。兰说，柯南的举动和新一很像。 记得在国二时，有一天下雨，兰急着要回家，新一看见了，就把雨伞给了兰。还对兰说，我可是侦探啊，所以，又多带了一把伞。最后，新一淋着雨回家了，还得了感冒。 M12战栗的乐谱 顺着战栗的乐谱特典工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件，兰回想起当时的情况。当时在河岸边唱歌的就是秋庭怜子老师，唱的是《天赐恩宠》（奇异恩典，英文名为 Amazing Grace）。 M12战栗的乐谱特典 工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件 时间回到工藤新一初中时代，案件通过一只吉他盒展开…… M13漆黑的追踪者特典 新一与兰 麻将牌与七夕的回忆 讲述了新一小学时代的故事，他与同学齐心协力帮助兰实现了见到妈妈的愿望。 M14天空的遇难船 基德与柯南的对决
OVA版
OVA1 柯南VS基德VS阿剑！宝刀争夺大作战（做梦中变回原来的样子） OVA2 16人的嫌疑犯（平次的幻觉） OVA9 十年后的陌生人（变大之后的幻想） OVA10 KID in TRAP ISLAND(另名：怪盗基德孤岛决战)（假扮）
特别企划：
鲁邦三世VS名侦探柯南（兰的幻想）
剧场版：
1997 引爆摩天楼 （远影） 1998 第十四个目标 （远影&.回忆） 1999 世纪末的魔术师 （错觉&.假扮） 2000 瞳孔中的暗杀者 （照片、远影&.回忆） 2001 通往天国的倒数计时 （远影） 2002 贝克街的亡灵 （兰的回忆） 2003 迷宫的十字路口 （回忆、变回来的&.远影） 2004 银翼的魔术师 （假扮&.远影） 2005 水平线上的阴谋 （回忆&.远影） 2006 侦探们的镇魂歌 （回忆、远影&照片） 2007 绀碧之棺 （兰的回忆） 2008 战栗的乐谱 （兰的回忆） 2009 漆黑的追迹者（兰的回忆&高木的回忆） 2010 天空中的遇难船 (拉掉头套的样子。其实是基德假扮。) 剧场特典：剧场版12特典：工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件 剧场版13特典：新一与兰 麻将牌与七夕的回忆 剧场版14特典：通往大阪什锦煎饼艰辛之路
目前为止小兰还是不知道柯南就是新一。。但是有怀疑过，但是每次都被柯南完美的搪塞过去了。。。
001 云霄飞车杀人事件（初登场）
002 董事长千金绑架事件 （兰的回忆&.远影）
007 每月一件礼物威胁事件 （远影）
010 足球选手恐吓事件 （照片、想像&.投影）
018 六月新娘杀人事件 （回忆）
026 爱犬约翰杀人事件 （回忆）
032 咖啡店杀人事件 （回忆）
042 卡拉OK厅杀人事件 （远影）
048 外交官杀人事件(前篇) （回忆）
049 外交官杀人事件(后篇) （喝白干变大）
057 福尔摩斯迷杀人事件(前编) （回忆）
076 柯南对怪盗基德 (远影)
084 滑雪别墅杀人事件(前篇) （回忆）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 （照片＆.想像）
100 初恋情人回忆事件(前篇) （回忆）
101 初恋情人回忆事件(后篇) （回忆）
118 浪花连续杀人事件 （平次的梦－－工藤被袭击）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 （远影）
162 飞天密室！工藤新一最初事件（兰睡梦中回忆的）
190 危命的复活～第三种选择（平次扮的）
191 危命的复活～黑衣骑士 （变回来的）
192 危命的复活～新一回来了（药效没过）
193 危命的复活～约定的场所（药效没过，但结尾就过了）
196 看不见的凶器 小兰的初次推理 （兰的想象）
219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德 （回忆）
228-暗藏杀机的陶艺教室 (前篇)（兰的想象）
239 大阪的3个K事件(后篇) （远影）
250 偶像们的秘密(后篇) （星野辉美手中的剪报）
255 松江玉造连句十四次胜负(前编) （出现原因不明新一看见小狗走神）
271急忙掩饰的忽略 (前篇)（小兰上课走神，想起了赤井秀一和新一）
278 英语教师VS西部名侦探(后编) （照片）
280 迷宫的阴暗（后篇）（柯南回忆足球明星比护来学校找他加入球队）
285 中华街雨中的似曾相识(后篇) （兰的错觉)
286 工藤新一NY事件(事件篇) （回忆）
287 工藤新一NY事件(推理篇) （回忆）
288 工藤新一NY事件(解决篇) （回忆）
300 友情与杀意的关门海峡(后篇) （回忆）
304 震动的警视厅 1200万人质 （兰的错觉＆.远影）
312 染上夕阳的布偶(前篇)（回忆）
330 被挑拨的友情(后篇)（回忆）
331 疑惑的咖喱饭(上篇)（想像）
343 便利店中的阴谋(前篇)（回忆&.远影）
344 便利店中的阴谋(后篇) （错觉、照片&.远影）
345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（假扮&.回忆）
383 来自甲子园的恶魔的挑战（兰的回忆）
387 斯特拉蒂瓦里的不谐和音（尾曲）（柯南回忆自己唱歌）
398 奇妙一家的委托(前篇) （想象）
400 心存疑惑的兰(回忆&.远影）
410 同时进行的舞台剧和绑架案(后篇)（回忆）
411 神社鸟居之惊悚暗号
412 神社鸟居之惊悚暗号（远影）
422 银杏色的初恋(后篇)（回忆）
413 完全一半犯罪之谜 （柯南的回忆）
437上户彩和新一 四年前的约定（回忆）
456 我喜爱的推理 （回忆看齐川的小说）
457 园子的红手帕(前篇)（园子给兰打比方……）
472 少年工藤新一的冒险(前篇)
473 少年工藤新一的冒险 (后篇)
490 工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（中学时候，推理部分最好看）
508卡拉OK厅的死角(后篇)（回答瑛佑的问题：想要和兰表白……的时候远影）
511 推理对决！新一vs冲矢昂（最后和兰打电话时的远影）
521 杀人犯、工藤新一（以其身份登场的是个整容的犯人，真人开始是柯南，之后化妆成死罗神）
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
524 憎恶的蓝色火花(前篇)（开头一些提到了）
616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子）
617 福尔摩斯的默示录（Love is 0）
618 福尔摩斯的默示录（撒旦）
619 福尔摩斯的默示录（Code break）
620 福尔摩斯的默示录（草场女王）
621 福尔摩斯的默示录（0 is Start）
都是有新一出场的、、、、
好像在 190-193
190 危命的复活～第三种选择（平次扮的）
191 危命的复活～黑衣骑士 （变回来的）
192 危命的复活～新一回来了（药效没过）
193 危命的复活～约定的场所（药效没过，但结尾就过了）
这里面很浪漫的。
……第一个问题：至今为止还不知道
……第二个问题：至今为止还没有完全恢复
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