首先要看你的档案是托管到哪里的，如果你是托管到你们公司的话，那么你的档案就会去你签协议的公司，如果是自己托管在人才中心之类的单位，可能影响不大。
改派报到证的话，你需要先和你签了就业协议书的公司解除就业协议，拿回留放在公司的你那份就业协议，然后让他们给你开一份已解除就业协议的关系函，交给学校或是你托管档案的地方办理改派手续。
我的情况跟你类似，我就是这么办理的
你与公司签了协议，如果不想去了，应当去解约，以利于以后改派报到证。
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