毕业一直未办理人事代理及转正定级，现在考上事业单位无法用商调函调档案怎么办？

你没办理人事代理，也就是没有缴纳过托管费？可能会使你丢失干部身份（当然各个省份的规定可能有区别）。去跟人才中心协商一下，补缴这两年来全部的托管费。这样应该就不会影响调档了。
至于转正定级，有些省份调档是不管这东西的，如果你们哪里要求有这个东西，你就找人才中心补办一个吧。到时候人才中心会给你一张表，上面可能需要原来的工作单位签字盖章出证明之类的，你按照上面的要求去找单位就行了。
至于工龄问题，只要有社保缴纳证明，就不会受影响。如果你连社保费都没有交过，那赶紧找社保局把这两年的社保费补上，就没问题了。

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你那公司也太不正规了吧！如果它实在不肯承担应该为你缴纳的那部分保险，你可以去社保局问问这种情况下你要补交社保该怎么办。如果连社保局都帮不了你，社保的事情就只有算了。
连劳动合同都没签？？你问问你们公司人事部门，可不可以帮你补签一份，能的话最好补一份。
还有，不知道你考的那个岗位要不要求有工作经验啊？不要求的话，如果社保又补不了，那你就自认倒霉，工龄无法认定，但至少不影响录用；如果要求有工作经验的话，你如果连劳动合同都拿不出来，恐怕会影响你的录用了。

大学生满一年时转正定级，这是国家的就业政策。
给你篇文章看看，可能对你有帮助。
http://www.clssn.com/html/node/32810-1.htm

如果‘有人事代理和转正定级那么回事’不影响你去‘合肥这边的事业单位’，那么你的‘工龄’应该由你的社保缴费记录来证明。查你上班的单位是否缴纳社保费？