房产税在房产所在地缴纳，总公司注册的地址需要缴纳房产税，如果分支机构和总公司不在同一地址的话，占用的也是属于自有的房产也需要缴纳房产税。房产税不会叠加缴纳。设立非独立核算的分支机构，不会加重企业的纳税额。所得税在总公司缴纳。
