进医院只能是卫生专业技术资格考试里的药（士）师，这是卫生部管的，自然医院认可，可以在医院药房和医院自制药部门工作。
执业药师是国家食品药品监督局管的，和卫生部不说有多在的矛盾吧？但确实是相互不太买账，所以现在执业药师主要是在药品流通领域的社会药店中工作，卫生部的医院是不怎么认可执业药师的。如在卫生部出台的《处方药的管理办法》中只提药学专业技术职务资格而不提执业药师，就可看出卫生部的态度了。
这是前几年的情况，现在具体怎样真不好说，因为我也只是个局外人，但两个部门分管两个同质同应用对象的行业资格管理，不出矛盾那才叫怪呢？反正这方面卫生部还是强势些，而且你又是想进医院自然应该考卫生部的卫生专业技术资格职称类的药（士）师，但卫生部的考试报考条件要求要严一些，执业药师考试的报考条件要松一些。
医院是卫生局管理的，只认药士、药师、主管药师、副主任药师、主任药师这些职称，但是好像没听说过不在医院的平台上自己报名的，好像报名也不受理啊，必须先进医院，到了年限医院人事部门会帮你报名的；执业药师是药监局管理的，医院基本不认，不过有个别医院如果考下了执业药师资格可以免考主管药师。
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