个人所得税是否应该扣除公积金后计算，

包括国家规定缴纳的“基本养老保险、失业保险、医疗保险、住房公积金”中个人负担部分。扣晚的余额就是应纳税所得额。
　福利费、抚恤金、救济金，免纳个人所得税。（《个人所得税法》第四条四项）
　　《个人所得税法》第四条第四项所说的福利费，是指根据国家有关规定，从企业、事业单位、国家机关社会团体提留的福利费或者工会经费中支付给个人的生活补助费；所说的救济金，是指国家民政部门支付给个人的生活困难补助费。（《条例》第十四条）
由于某些特定事件或原因而给纳税人本人或其家庭的正常生活造成一定困难补助，其任职单位按国家规定从提留的福利费或工会经费中向其支付的临时性生活困难补助。（国税发[1998]155号）
所以，如果你的福利是从工会经费里支付了，就不入工资即：（5000-1200-3500）*0.03
如果是话费什么的福利，就要（5200-1200-3500）*0.03

公积金自负1200 ？？？个人最高比例是12%，你把单位扣的也加进去？咋可能这样算！你自已最多能扣600公积金而已。

应采用的计算方法5200-1200-3500=500元，500*0.03=15元，只需要缴纳15元个税就可以了。应纳税所得是指扣除所缴纳的保险费用后的工资。

公积金是可以税前扣除的，还有福利应该也要算在应纳税收入中，除国家的补贴 还有规定 的差旅费补贴是可以税前扣除的

5200-3500-1200=500应纳税所得额