须将作废票的发票号上传国税系统，和税票的认证类似，即要将作废票的信息输入发票管理系统中，待国税审核通过后办理作废缴销处理，抄税卡中做相应记录。月度申报时在税务部门读取抄税卡信息时就能反映出来。如有不清楚可咨询税务部门的征收大厅人员。
开票软件里有作废模块吧，如果再不行，可向当地主管税务人员问一下，他们应该会辅导你的
在开票系统里把发票作废了就行。
